Yayasan Al-Azhar Makassar didirikan pada Tahun 2004 di Makassar oleh Dr. H. Najamuddin Mara Hamid Lubis (Rahimahullah) bersama beberapa rekannya, yayasan ini pada mulanya di inisiasi oleh banyak Alumni Al-Azhar Mesir dan alumni timur tengah lainnya, di awal berdirinya bergerak di bidang pendidikan dengan memfasilitasi calon mahasiswa untuk belajar ke Mesir selama beberapa tahun, Tahun 2005 mendirikan Madrasah Ibtidaiyah yang diberi nama Madrasah Ibtidaiyyah Tahfizul Qur'an (MITQ) Azhar Center Makassar. Tahun 2006 menyelenggarakan kegiatan I'dad Du'at (Persiapan Da'i), kegiatan ini selanjutnya menjadi cikal bakal berdirinya STAI Al-Azhar Gowa yang mendapat izin operasional pada tahun 2010. Tahun 2012 mendirikan Madrasah Tsanawiyah (MTs) Azhar Center Makassar
Selain Kegiatan pendidikan, STAI Al-Azhar juga sejak awal melaksanakan aktivitas dakwah dan sosial dengan berbagai kegiatan pencerahan dan keumatan, yayasan Al-Azhar pernah mendirikan Badan Amil Zakat dan menginisiasi forum dai yang diberi nama Ikatan Dai Azhar Center (IKDAZ). Saat ini, kegiatan pengelolaan ziswaf penghimpunan dan penyaluran bekerjasama dengan Lembaga Amil Zakat Nasional IZI dengan menjadi IZI Point AL-Azhar Makassar, sementara IKDAZ sebagai wadah muballigh dan dai berubah menjadi Ikatan Muballigh Al-Azhar (IKMAL) Makassar yang menaungi para dai dan muballigh di yayasan Al-Azhar Makassar, Lembaga ini melayani masyarakat dalam berbagai kegiatan dakwah dan tabligh seperti khutbah jum'at, kajian Islam, pelatihan, penyuluhan, majelis taklim, dan berbagai kegiatan dakwah lainnya sesuai kebutughan masyarakat sekitar. Sebagai lembaga dakwah yayasan Al-Azhar juga hadir ditengah masyarakat dengan berbagai kegiatan sosial seperti distribusi zakat, daging kurban, beasiswa pendidikan untuk penghafal Al-Quran, beasiswa untuk peserta didik tidak mampu, dan lain sebagainya, Yayasan Al-Azhar Makassar sebagai yayasan wakaf milik masyakarat saat ini diketuai oleh Dr. H. Abdul Rahman Sakka, Lc. M.Pd.I. setelah sebelumnya dipimpin oleh Dr. H. Najamuddin Mara Hamid (Rahimahullah) kemudian Dr. H. Mujetaba Mustafa (Rahimahullah). Sebagai yayasan milik umat, yayasan ini diharapakan terus bertumbuh dan berkembang menjadi pelayan umat dan berkontribusi bagi penyiapan manusia Indonesia yang religius serta turut membangun kehidupan bangsa dan negara yang adil dan makmur,
VISI
Menjadi Lembaga Dakwah dan Pendidikan Islam Terkemuka yang mencerahkan dan mencerdaskan kehidupan umat untuk membangun manusia Indonesia yang rabbani, berwawasan syumuliah, dan moderat
MISI
1. Menyelenggarakan kegiatan pendidikan Islam dengan mengedepankan pembinaan pribadi muslim dan SDM berkualitas
2. Menyelenggarakan kegiatan dakwah sebagai layanan publik yang mencerahkan menuju masyarakat religius, berpengetahuan, dan moderat
3. Mengelola dana sosial masyarakat dalam bentuk zakat, infaq, sedekah, dan wakaf untuk membangun kehidupan masyakarat yang sejahtera